随着时间的推移，政治局势逐渐复杂，权力的诱惑也日益凸显。

洪武二十三年（1390 年），这一年对于七十七岁高龄的李善长来说，是命运的巨大转折。

当时，李善长的亲戚丁斌因犯罪被发配边疆，李善长多次为其求情。这一举动引起了朱元璋的深深怀疑，他下令审讯丁斌。丁斌在重压之下供出李善长与胡惟庸来往密切。

原来，胡惟庸曾试图拉拢李善长一同谋反，李善长起初拒绝。但随着调查的深入，发现李善长在知晓胡惟庸谋反意图后，未及时向朱元璋告发。

朱元璋对此大怒，他认为李善长身为开国功臣，却对谋反之事知情不报，实在有负皇恩。朱元璋向来对贪官污吏和不忠之臣深恶痛绝，他一心想要建立一个清明、公正，为百姓谋福祉的王朝。而李善长的行为在他眼中严重违背了这一理念。

于是，朱元璋下令将李善长及其家族七十余人一并诛杀。李善长的长子李祺，因娶了朱元璋的长女临安公主而得以幸免。但李善长的侄子李佑、李伸则受到牵连。

这一年的四月，吉安侯陆仲亨家奴封贴木等人告发陆仲亨与众多公侯皆与胡惟庸、李善长结为朋党，曾谋划发动政变。一时间，陆仲亨等人纷纷下狱。

5 月 8 日，监察御史再次上书弹劾李善长时带上了他的侄子李佑、李伸，随后李佑、李伸下狱。

最终，李善长在绝望之中自尽，李佑、李伸及陆仲亨等人被赐死。

在李善长案中，受牵连的开国勋贵有陆仲亨（吉安侯）、唐胜宗（延安侯）等十余人和已经去世多年但被追论为胡党的有顾时（追封滕国襄靖公）、吴祯（追封海国襄毅公）等七八人。

这些人大多被赐死，部分被流放或革除爵位。他们的家族也受到极大影响，有的被抄家，家族成员或被流放，或被罚为奴，财产被没收，家族从此衰落。他们的第二代中，像顾敬（济宁侯）、吴忠（靖海侯）等不少人被株连，有的被赐死，有的被剥夺官职，整个家族的命运都陷入困境。

李善长的一生，从早年的功勋卓着到晚年的悲惨结局，他曾为明朝的建立和发展做出了不可磨灭的贡献，但最终却未能善终。

李善长之死，凸显了朱元璋对建立清明政治坚定决心，哪怕对曾经的功臣，只要危害到王朝的稳定和百姓的利益，他也绝不手软。