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日本京都，也就是著名的平安京，位于日本本州岛中西部，坐落在京都盆地北部，东距日本第一大湖琵琶湖仅五公里，东、西、北三面有丹波山地、比良山地和贵船山地环绕，市区随京都盆地向南面大阪湾敞开为巨型口袋形状，面积六百一十平方公里，巅峰时期，人口约一百六十多万。
阮小二等人到日本京都时，就见城门前跪满了日本人。
领头的是崇德天皇的摄政（相当于丞相）藤原忠通，就是他在看到是不可为了之后，下令放弃抵抗的，大元军才能拿下完整的日本皇宫，将日本皇室和宗室尽数抓获。
此刻，藤原忠通匍匐在地，屁股高高撅起，表明了他的臣服，其他日本人有样学样。
阮小五对阮小二等人说：“他等皆是前来迎接元帅的。”
老实说，看到这样的场景，阮小二难免有些飘飘然，因为这足以说明，日本是他带人打下来的。
不过阮小二很快就冷静下来，因为他知道，攻占日本的事，还远没有结束，他还有不少任务。
平忠盛在一旁对阮小二等人解释：“藤原忠通虽是摄政，但并没有多少实权，真正掌权的是藤原氏，他只是一个傀儡而已。”
藤原氏早在飞鸟时代就已经存在，到藤原良房时，以外戚出任摄关职，以摄政或关白之名义长期左右朝政，称为摄关政治，是北家的全盛时期，并确立摄政关白由北家嫡流出任的传统。及至道长当政以后，藤原氏专权达于极盛期。此期间藤原氏以外戚干政，为所欲为，二后并立，四女三妃。东宫立妃，幼小天皇常住其家。摄政、关白、太政大臣、左右大臣之职为藤原氏一族独霸，形成摄关政治特殊体制。
这个家族可以说是日本第一家族，其家族的水到底有多深，恐怕就是处于其中的人也搞不清楚。
所以，平忠盛所说的，一点错都没有。
不过藤原忠通还是有一些政治资本的，鸟羽上皇的中宫藤原璋子就是藤原忠通的妹妹。
——中宫虽然和皇后名号不同，但自六十六代一条天皇后，皆被视为准后或等同于皇后。
而且，据说藤原璋子和白河法皇还有一腿。
另外，上一任摄政关白、太政大臣藤原忠实还是藤原忠通的父亲。
阮小二对藤原忠通说：“鉴于你主动开城投降，让我大元军少了一些手脚，有功于我大元，许你藤原氏尽数迁往我大元京城，我亦会如实上报你藤原氏之功劳，教你家继续享受荣华富贵。”
阮小二此言一出，藤原忠通和藤原氏的其他人全都大惊失色！
藤原氏历经了多少代人的努力，才成为日本第一豪门世家，其势力遍布整个日本，连日本皇室和宗室都不敢招惹其家人，阮小二轻飘飘的一句话，就要断了他们无数代、无数人的努力？
藤原忠通和藤原氏的人都是精通政治的人，他们知道，现在大元帝国势大，他们这时候跟阮小二犟嘴，肯定没好处。
这事得慢慢谋划。
所以，藤原忠通和藤原氏的人全都没说话，像是默认了阮小二的安排。
平安京市区形制、布局皆模仿中国唐代的都城长安和洛阳，尤其以对长安城的模仿更为显著，在整体规划布局上仿照当时的唐朝京师长安的东西对称布置，而坊市的模数大小则与唐朝东都洛阳类似，中轴线朱雀大路依照长安的朱雀大街，将平安京分为左京、右京（东侧是左京、西侧是右京）两个部分，右京称作长安，左京称作洛阳。
由于右京所处的地区多沼泽，因而逐渐荒废，城市的主要发展集中在左京。
一路走来，阮小二等人发现，城中的房屋大多都是依盆地山坡而建，街道上下起伏，高野川和贺茂川在市区汇合成鸭川向南流入桂川，最后与流入大阪湾的淀川合流，放眼望去，青山绿水，交相辉映，神殿古庙、皇宫御园分布在起伏的街道两侧，错落有序，奢华又不失风雅，确实是一個好地方。
平安京的宫城（平安宫）位于京城北部的中央，相当于唐长安城宫城和皇城的结合体，而宫城内的内裹和大极殿则相当于长安的宫城（太极宫）和太极殿。
来到宫门前，阮小二等人又看见了一大群日本人跪在宫门前，而为首之人竟然是一个四五岁的孩子，不用说，他一定是日本天皇崇德天皇。
阮小二等人进入日本天皇发号施令的太极殿，然后拿出江鸿飞的圣旨，宣读起来：
去掉那些没用的修辞，江鸿飞的主要意思如下：
一、取缔日本，其地全部并入大元帝国。
二、原日本包括虾夷地共分成北海郡（位于日本列岛的最北端，濒临日本海、太平洋、鄂霍次克海，南隔津轻海峡，由北海道和附近的利尻、礼文、奥尻等小岛构成。）、奥羽郡（由陆奥国与出羽国组成，包括青森、岩手、宫城、秋田、山形、福岛六县）、关东郡（东部和南部濒临太平洋，北部和西部则为群山所环抱，地处本州岛中部地区的爱发、不破、铃鹿三关以东，包括东京都和茨城、枥木、群马、埼玉、千叶、神奈川六县。）、中部郡（位于本州岛中部，包括新泻、长野、富山、石川、福井、山梨、歧阜、静冈和爱知九县。）、近畿郡（位于本州岛中部，东临中部地方，西接中国地方，南濒濑户内海、大阪湾和太平洋，北临若狭湾和日本海，包括滋贺、三重、奈良、兵库、和歌山五县以及京都、大阪两府。）、中山郡（在本州岛西南部，于九州岛与近畿之间，包括鸟取、岛根、冈山、广岛、山口五县。）、四国郡（在日本西南部，北临濑户内海，南濒太平洋，由四国岛及其周围附近小岛构成，包括德岛、香川、爱媛、高知四县）、九州郡（由九州岛和周围的一千四百多个小岛屿构成，包含福冈、佐贺、长崎、大分、宫崎、熊本、鹿儿岛、冲绳八县。），共八个郡。
三、凡是参与抵抗的日本达官贵胄、豪门大户、仕绅望族全都进行公审。