为了保卫撒马尔罕，阿拉丁也在蒙古大军从边境向撒马尔罕开进这半年时间里，做了充足的准备，要和蒙古大军在撒马尔罕城下决一死战。

政治上，阿拉丁以“丢失城池”、“损兵折将”、“消极怠战”、“贪污腐败”为由，罢免多个“后党”成员，并全部换上“帝党”成员。剩下为数不多的原“后党”成员，包括丞相秃儿干，在表示绝对效忠阿拉丁摩诃末苏丹后，才被阿拉丁留下来。通过这次人事大调整，使花剌子模上层官员绝对听命于阿拉丁号令，空前团结、众志成城的对抗蒙古大军。

军事上，撒马尔罕原有驻军十万人马，为了保卫撒马尔罕，阿拉丁还调集十万骑兵协同作战。而此时由于难民的涌入，撒马尔罕人口达到二百万人，阿拉丁派人从中挑选四十万预备军协同守城。

工事修建上，阿拉丁让丞相秃儿干组织守城士兵和预备军一起加固城墙，使撒马尔罕的城墙增至五丈高。

物资保障上，阿拉丁意识到这是一次旷日持久的战争，于是命令全城军民积极储备粮食物资，城内的粮食物资够全城军民吃用两年。

正当阿拉丁以为撒马尔罕“固若金汤”时，阔克汗“扎木合”逃回撒马尔罕，并向他禀报被蒙古骑兵打败的经过。阿拉丁这才意识到成吉思汗和蒙古大军比他想象的还要厉害。为了打赢撒马尔罕保卫战，阿拉丁和扎木合进行了一次彻夜长谈，了解敌我态势，寻找破敌之法。

阿拉丁问，花剌子模也曾经是西方第一强国，为什么蒙古大军打来却屡战屡败，请你发挥你的智慧，为朕解答其中疑惑。

扎木合说，这其中原因很多，第一就是蒙古骑兵非常厉害。而之所以非常厉害的原因，一是蒙古骑兵本身战斗力非常强，这些蒙古骑兵两、三岁就要学习摔跤搏斗，五、六岁就要学会使用兵器，八、九岁又要开始学习骑马射箭，十岁以后就要编入预备军，十八岁转为正规军，他们不但要参加战斗，又要从事生产。他们每年有半年时间都在进行战斗，没有战事时除了成吉思汗组织他们每天不少于一个时辰的集中训练外，他们还要骑马放牧、射箭狩猎。这种常年累月的战斗、训练、游牧、狩猎，使他们的体质非常强壮，骑射技术非常高超，战斗意志非常坚强。

阿拉丁叹了一口气说，这样的单兵作战能力，花剌子模骑兵可能很难在短时间训练出来。

扎木合说，蒙古大军兵临城下应该还要几个月，臣定当竭尽全力，为苏丹陛下训练士兵。

阿拉丁说，那从明天开始，请你继续为朕训练士兵，你接着说说其它原因。

花剌子模新都撒马尔罕是中亚着名古城，经济、文化和宗教中心，被称为“丝绸之路明珠”。撒马尔罕意为“肥沃的土地”。中国古代称之为“康居”，意思是适合居住的地方。公元前五世纪，善于经商的粟特人把撒马尔罕建成一座美轮美奂的城池。公元前三世纪，马其顿帝国的亚历山大大帝攻占了该城，当他看见这个城堡时不禁赞叹说，我去过很多地方，我所听说到的一切都是真实的，只是撒马尔罕要比我想象中更为壮观。撒马尔罕在中国唐朝时期，唐太宗派兵征服西域，到了唐高宗时期设置康居都督府，唐玄宗时期国家由盛而衰，在怛罗斯之战中唐军被大食军队所败，成为大食领土，从此脱离中原王朝。后被花剌子模占领，阿拉丁摩诃末苏丹将其立为新都。撒马尔罕是花剌子模第一大城，经济富裕、文化灿烂，有人口一百二十余万，城墙高约三丈，周长一百余里，开东南西北四道城门。