虽然两次击退外敌，但超神学院众人不敢懈怠。葛小伦提议加强训练，并研发新的战术应对可能到来的威胁。于是，学院内掀起了一股科研与训练的热潮。

然而，平静并未持续太久。一天夜里，天空突然被黑暗笼罩，无数小型虫洞打开，从中涌出大批机械生物。它们行动迅速且极具攻击性，所到之处一片狼藉。超神学院战士们紧急出动，可这次敌人数量众多且十分难缠。

战斗中，葛小伦发现这些机械生物似乎受某个中心枢纽控制。他带领部分成员去寻找枢纽，其余人负责牵制。经过一番激战，终于找到了隐藏在地下深处的控制枢纽。葛小伦集中全部力量摧毁了它，所有机械生物瞬间瘫痪。

经此一役，超神学院意识到地球面临的威胁远超想象。他们向宇宙中的友方势力发出求救信号，准备联合一切可以联合的力量，共同守护地球家园，迎接未来更加艰巨的挑战。

不久之后，收到求救信号的天使文明派彦率领一队天使前来支援。彦与葛小伦会面后，带来了一些宇宙局势的最新情报。原来这些不断来袭的敌人背后有着一个神秘的黑暗势力在操控，目的是夺取地球的特殊资源——暗物质。

超神学院众人开始与天使们共同商讨对策。在研究过程中，琪琳通过精密仪器探测到地球极地地区有异常的暗物质波动，怀疑那里藏着敌人下一步的计划关键。

葛小伦、彦带领队伍前往极地。刚抵达，就遭遇了强力的能量屏障阻拦。葛小伦和彦合力冲破屏障，却发现里面是一个巨大的能量转换装置。此时敌人出现，双方展开激烈战斗。葛小伦进化后的身体爆发出前所未有的力量，彦也展现出天使的神圣之力。最终，他们成功摧毁装置，敌人见势不妙撤退。超神学院和天使的联军士气大振，继续为保卫地球严阵以待，准备迎接更多未知的挑战。

就在超神学院和天使联军积极备战之时，地球上突然出现许多空间裂缝。从裂缝中传出诡异的能量波动，一些奇形怪状的生物爬了出来。这些生物像是融合了多种种族的特征，实力极为恐怖。

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葛小伦等人立刻投入战斗，但发现常规手段很难对其造成伤害。这时，彦提出也许需要找到这些生物诞生的源头才能彻底解决。经过一番探寻，他们发现所有空间裂缝的根源指向一颗遥远星球。

葛小伦当机立断，决定带领一支精英小队前去那颗星球调查。到达星球后，他们发现这里到处都是黑暗的实验设施，原来这是黑暗势力培育新型生物兵器的基地。

正当他们要破坏基地时，基地的防御系统启动，各种致命的攻击袭来。葛小伦挺身而出，以自己的身躯护住队友，同时借助队友的力量发动最强一击，成功摧毁了基地核心。所有空间裂缝消失，那些恐怖生物也随之消散。超神学院和天使联军再一次守护了地球，他们深知保卫地球任重道远，丝毫不敢放松警惕。

就在大家以为可以松口气的时候，地球周围的空间突然扭曲起来。一艘散发着幽冷蓝光的飞船缓缓浮现，船身上刻满了古老而神秘的符文。舱门打开，走出一群身着银色铠甲，眼神冷漠如冰的生物。他们自称是幻族，来自遥远的幻之星域。幻族宣称地球的暗物质影响了他们星系的能量平衡，要求地球交出所有暗物质储备。超神学院众人当然不会答应，战争一触即发。葛小伦尝试与他们沟通，却被对方视为软弱。战斗开始，幻族展现出奇特的能力，他们能制造逼真的幻境迷惑对手。不少超神学院战士被困其中，葛小伦依靠强大的意志力挣脱幻境，他冲向幻族首领。在激烈交锋中，葛小伦发现幻族力量虽强，但依赖一种名为幻晶的能源源物。他通知蔷薇悄悄绕到后方，抢夺幻晶。蔷薇得手后，幻族顿时大乱。超神学院抓住机会全面反攻，最终幻族无奈撤离，地球再次度过危机，而超神学院众人明白，保卫地球的征程永远充满变数。

在幻族离开后，超神学院开始深入研究从幻族夺得的幻晶。琪琳发现幻晶蕴含着独特的空间属性，可以用来强化现有的防御体系。就在众人忙于此项研究时，地球的通讯卫星监测到外太空出现了一组神秘的脉冲信号。这组信号似乎带有某种召唤性质。