随着冬季的到来，太平军的物资供应问题愈加严重，而湘军通过水路补给，物资充足。

李秀成意识到继续强攻毫无意义，只得撤退，解围失败后，李秀成听从洪秀全的命令，前往湖北调兵，但在安徽境内遭遇湘军的顽强阻击，无功而返。

1864年3月，曾国荃率领湘军完成了对天京的合围，湘军开始在全城各处城门进行挖掘，试图通过地道炸毁城墙。与此同时，天京内的防御力量日渐衰弱，洪秀全此时也已身患重病，他的身体状况每况愈下。

6月，洪秀全病逝，他的儿子洪天福继位成为幼天王，然而，年幼的洪天福无法承担起挽救太平天国的重任。

7月3日，天京的最后一个据点被湘军攻占，7月19日，湘军对天京发起总攻，太平军的防线在猛烈的炮火下节节败退。

李秀成率领部队进行顽强抵抗，但最终寡不敌众，李秀成决定带着幼天王突围，伪装成清军逃离天京。

然而，在突围途中，他们不幸被清军发现，李秀成与幼天王走散，三天后，李秀成被清军俘虏，8月，他在南京被处决。

天京陷落后，太平天国的余部仍在各地进行抵抗，李世贤和汪海洋是南方太平军的重要将领，他们在广东、福建等地继续与清军作战。

李世贤率领部队在漳州一带活动，他希望通过稳固这一地区的控制，获得更多的补给和兵源，然而，清军对漳州的围剿行动迅速展开。

清军采用围城打援的策略，将李世贤的部队围困在漳州城内。同时，清军派出小股部队截断了太平军的补给线，导致城内的物资逐渐匮乏。

在一次突围行动中，李世贤亲自率领精锐部队试图突破清军防线，然而，清军早有准备，部署了大量火枪和火炮，形成密集的火力网，太平军的突围行动被清军的火力压制，损失惨重。

之后李世贤率领残部向西撤退，进入永定山区，但是仍然遭遇清军的猛烈打击，部队几乎全灭，无奈之下，李世贤投靠汪海洋，但后者担心被夺军权，将李世贤暗中杀害。

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汪海洋在新泉遭遇战中部队损失惨重，被迫退守白沙，然而，他并未放弃抵抗，继续在广东一带进行游击战。

汪海洋在白沙修整后，决定向东进攻嘉应州，试图通过占领城市来获取更多的补给和支持，他的部队日夜兼程，迅速占领了嘉应州。

然而，清军的反应也非常迅速，很快就对嘉应州形成了包围。

1866年1月16日，清军开始对嘉应州发起总攻，汪海洋组织部队进行顽强抵抗，但清军凭借火枪和火炮的优势，逐步瓦解了太平军的防线。

汪海洋在战斗中表现英勇，但最终在冲锋时被清军的枪弹击中头部，当场爆头身亡，这一战役中，太平军的尸体遍地，血流成河，汪海洋的死标志着太平天国南方余部的进一步崩溃。

汪海洋死后，谭体元被推选为新的太平军领袖，他接过了指挥权，决心继续抗争，试图组织残部突围，但内部意见不统一，导致行动迟缓。

谭体元主张西进广西，而胡永祥则提议进入安徽，最终，谭体元妥协，同意从潮州进入福建。

1866年2月，谭体元多次派兵出击试探清军布置，5月，他趁清将鲍超未筑营之际，发起进攻，击毙清军40人。