至正二十五年（1365年）的九月，扩廓帖木儿护送皇太子还京，元末皇帝妥懽帖睦尔任命其老臣伯撒里为右丞相，扩廓帖木儿为左丞相，宫廷内斗告一段落。

而后，元朝末代皇帝妥懽帖睦尔又封扩廓帖木儿为河南王，南下肃清江淮，不料却引发了扩廓帖木儿与李思齐、张良弼等诸多军阀在河南、山西、陕西等地混战的局面。元朝末皇帝妥懽帖睦尔怀疑扩廓帖木儿有异志，于是命皇太子爱猷识理达腊总领天下兵马，开大抚军院，讨伐扩廓帖木儿。

这场军阀混战一直持续到大都失守前夕，极大损耗了元朝的有生力量。元朝皇帝妥懽帖睦尔虽然昏庸，但亦知国难当头，在至正二十七年（公元1367年）秘密在高丽济州岛建造宫殿，以备将来逃难之用。

在元朝内乱的期间内，朱元璋坐大于南方，将陈友谅、张士诚、方国珍等群雄次第削平，并在至正二十七年（1367年）十月发动“驱逐胡虏、恢复中华”的北伐战争。至正二十八年（1368年）正月，朱元璋自称皇帝，国号大明，建元洪武。

至正二十八年（公元1368年）闰七月二十三日，明朝军队抵达直沽，二十六日，知枢密院事卜颜帖木儿出大都迎战明军，被擒杀，太庙牌位也被收集好，在逃难的时候一起带走。

二十七日，元朝最后的皇帝妥懽帖睦尔命令淮王帖木儿不花监国，庆童为中书左丞相，而自己则是做好了逃难的准备。

二十八日，这个元朝最后的皇帝妥懽帖睦尔驾临到大都清宁殿，召见了众臣及三宫后妃与皇太子，正式宣布将逃往上都。知枢密院事哈剌章（脱脱之子）力谏不可，妥懽帖睦尔说：“也速已败，扩廓帖木儿远在太原，何援兵之可待也？”

宦官赵伯颜不花跪地痛哭进谏说道：“天下者，世祖之天下，陛下当以死守，奈何弃之！臣等愿率军民及诸怯薛歹出城拒战，愿陛下固守京城！”妥懽帖睦尔叹息说：“今日岂可复作徽、钦！”

到了这天夜里，大都健德门开，妥懽帖睦尔与皇太子、后妃及一百多名大臣出奔上都。妥懽帖睦尔一路上如惊弓之鸟，连山峰塌方都以为是明军到来。

八月十五日，妥懽帖睦尔一行终于抵达到了元上都（解说—位于内蒙古自治区锡林郭勒盟正蓝旗上都镇，地处闪电河畔金莲川草原之上，南临上都河），而此前大都已经在八月二日被明军攻占，监国淮王帖木儿不花等殉国。

元朝在中原的统治宣告结束，北元时代开始。

至正三十年（1370年），元朝皇帝妥懽帖睦尔病重，由皇太子爱猷识理达腊总揽军国诸事。

同年四月二十八日（1370年5月23日），妥懽帖睦尔因痢疾驾崩于应昌，享年五十一岁，太尉完者、院使观音奴奉梓宫北葬。死后的庙号叫做惠宗。

明太祖朱元璋以其“知顺天命，退避而去”，给予了妥懽帖睦尔“顺帝”的谥号。

蒙古汗号“乌哈笃汗”（一作乌哈噶图汗，意为明智的）。