回到联盟基地，舰队立刻进入休整状态。伤员被送往医疗中心接受治疗，受损的飞船也在加紧维修。而艾米莉则马不停蹄地组织了一场高层会议，商讨下一步的行动计划。

“我们不能就这样坐以待毙，必须主动出击，弄清楚神秘舰队的来历和目的。”艾米莉的声音在会议室内回荡。

“但我们对他们一无所知，从何查起？”一位官员提出了疑问。

“从我们在神秘星系的发现入手。”一位科学家站了起来，“我们在那里发现的古老遗迹和关于能量核心的线索，也许能为我们提供一些方向。”

经过一番激烈的讨论，联盟决定成立一个特别调查组，由艾米莉亲自带队，深入研究在神秘星系获取的信息。

调查组首先对那些古老遗迹进行了更加细致的分析。他们发现，遗迹中的一些符号和图案似乎与某种宇宙法则相关，而这些法则可能是控制能量核心的关键。

“难道神秘舰队是为了这些法则而来？”艾米莉陷入了沉思。

与此同时，情报部门也在全力搜集关于神秘舰队的情报。他们通过与其他星系的交流和暗中调查，发现有一些星系曾经遭遇过类似的神秘力量，但都没有留下太多有用的线索。

“这股力量似乎在暗中操纵着一切，我们必须尽快找到突破口。”艾米莉感到时间紧迫。

在研究过程中，一位年轻的学者提出了一个大胆的假设：“也许神秘舰队并非来自我们所在的这个宇宙维度，而是来自更高维度的空间。”

这个假设让所有人都大为震惊，但也为调查提供了新的思路。

为了验证这个假设，调查组开始对能量核心进行更加深入的研究。他们发现，能量核心的波动与一些高维度物理现象有着惊人的相似之处。

“如果这个假设成立，那么我们面对的将是一个前所未有的强大敌人。”艾米莉深知事情的严重性。

就在调查组紧锣密鼓地工作时，联盟内部也出现了一些不安的声音。一些人担心调查会引发更大的危机，主张采取保守的防御策略；而另一些人则坚信只有主动出击才能保护联盟的未来。

“我们不能被恐惧所束缚，必须勇敢地面对未知。”艾米莉在一次公开演讲中说道，“只有揭开真相，我们才能找到应对的方法。”

在艾米莉的鼓舞下，联盟上下团结一致，全力支持调查组的工作。经过艰苦的努力，调查组终于在一份古老的文献中发现了关于高维度生物的记载。

“这可能是我们找到真相的关键。”艾米莉拿着那份文献，眼中闪烁着希望的光芒。

然而，就在他们准备进一步深入研究时，新的危机悄然降临。神秘舰队再次出现，而且这次他们的目标直指联盟基地。

成功摆脱神秘舰队的追击后，联盟舰队带着满身的伤痕和满心的疑惑，踏上了归程。艾米莉坐在指挥舱内，脸色疲惫但眼神坚定，她深知这次的遭遇只是一个开始，背后隐藏的真相必须被揭开。