他指出荆州刺史胡修粗暴，南乡太守傅方骄奢，都不应驻守边防，曹操未予重视。

同年八月，汉水流域因为天降暴雨而发生了“汉水溢流，害民人”的自然灾害。

关羽趁机乘船进攻，擒于禁、斩庞德。胡、傅二人果然乘机降蜀。

因汉献帝在许昌，距樊城很近，曹操感到威胁，为避关羽锋芒，一度准备迁都黄河以北。

司马懿和曹椽蒋济及时劝阻说：“于禁被大水所淹，不是战守上的失误，对于国家的大局并没有大损失，为此而迁都，即是向敌人示弱，又会使淮河、汉水一带人心不稳。

刘备、孙权外亲内疏，如今关羽坐大，孙权必定不安，把这件事告知孙权，使他牵制关羽，则樊城之围自解。”

曹操从其计，孙权果然派吕蒙袭取公安，关羽败走麦城。

曹操认为荆州遗民及在颍川屯田的军民，逼近南方的敌对势力，想把他们迁走。

司马懿认为：“荆楚之民大多轻脱，轻易移动怕是难以安定。如今关羽刚刚被击破，藏窜逃亡者也在观望时局。如今将那里的人迁徙，既伤当地人的心意，也令想要回来的人不敢复还。”

曹操听了他的建议，没有移民。之前藏窜逃亡者，果然都复出归化。

建安二十五年正月庚子日（220年3月15日），曹操去世，朝野危惧，司马懿管理丧葬诸事，内外肃然，并奉曹操梓宫回到邺城。

同年，曹丕即魏王位，司马懿受封河津亭侯，转丞相长史。

当时孙权正率军向西。朝臣们认为樊城、襄阳缺乏粮，不能抵御吴军，请召守将曹仁回驻宛城。

司马懿则表示：“孙权刚刚打败关羽，正是他想和魏国结好的时候，一定不敢为患。襄阳是水陆交通要地，不能放弃。”

曹丕没听其建议，命曹仁放火烧毁二城。后来孙权果然没来入侵。曹丕悔之不及。