李靖也催马向前。还未到城门，城头上已遍布隋军，先前攻入城中的军士打开已经撞破的城门。韩擒虎率中军杀入，在署衙活捉守将樊巡。

那樊巡不到三十岁，被绑缚后神情黯然，在韩擒虎面前跪下道：“韩将军威名，在下早有耳闻，没料到破城如此神速，巡已命城中守军全部归降，还请大将军不要滥杀无辜、劫掠百姓。家君不在，樊家老小主仆八十余人在府，还请大将军饶恕。”

韩擒虎一把扶起他，亲手解开绳索，拍掸他身上的灰土，温言道：“樊少将军，你我各为其主，你为守城尽了心力，不算背主；令尊樊老将军，韩某向来景仰，岂会殃及你们家人？”于是命韩洪亲自带人去守护樊家老小。命手下将尉分兵出榜安民、打扫战场，无论隋军还是陈军都予以妥善安葬。

此役，隋军战死一千九百八十二人，伤四百六十人；陈军战死两千五百三十一人，伤九百八十人，归降三千四百余人，韩擒虎将他们编入队伍。

大军入城，秋毫无犯。又打开粮仓，开仓济民。江南父老闻听，纷纷前来拜谒韩擒虎，昼夜不停。韩擒虎热情款待这些世族和长者，言明南北一统是大势所趋，天下都是一家，请他们传书子弟，莫要再为伪陈卖命，归家农桑。于是檄文和家书并发，各路人马军心动摇。

入夜，李靖被韩擒虎叫到中军。韩擒虎道：“三郎对此次取姑孰，有何看法？”

李靖回复道：“靖儿先前不明舅父用意，如今回看战事，顿觉舅父以不到两千人的代价攻取重镇姑孰，实乃英明之举。然而靖儿还是觉得先前那二百五十人死得有些冤枉。”

韩擒虎看着甥儿的眼睛，郑重地说：“三郎，若大军正面攻城，城中六千守军拼死抵抗，我军仍会破城，但伤亡数定然超过五千，城中百姓遭殃更重，粮草、房舍毁坏更大。军人以服从命令为天职，伤亡必不可少，不能因仁义二字而付出更为惨重代价。对被斩之人，舅父全当战死英烈抚恤，家属荣誉不减、财帛增加，何必拘泥形式？为将者，当以胜负、多寡、利害为重，你当切记。”

李靖心中虽有不服，但也只好点头称是。

正在这时，韩洪入帐来报：“陈叔宝闻听姑孰失陷，下令镇东大将军任蛮奴收管樊猛部属，集兵新林，誓死决战。”

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韩擒虎派三千人守卫姑孰后，率军沿江而下，逼近新林（今南京西南）。此时，贺若弼大军已突破防线进屯钟山（今南京紫金山），行军总管宇文述击败陈军后进占石头城（今南京城西清凉山）。隋军已对建康城东北、西南、东南形成三面合围之势。