集议制的推行，还影响到军队。

枢密院的文职军官，认为军队也应该举行集议，商议军中事务。

而且在武将和护军谁是主官方面，他们倾向于护军：

“军中召集会议，商议的多半是军政。”

“应当以护军为主官，拥有否决权力。”

这无疑将护军凌驾在武将之上，朱由检对此是不大满意的。

然而此时的朝堂上，除了五军都督之外，根本没人为武将说话。

而五军都督府又没什么实权，里面任职的勋贵，也认识到不到这件事的重要性，根本没有人站出来。

这让朱由检不得不亲自下场，说道：

“军中将领和护军，都能称得上主官。”

“但是两者职责要有侧重点，一个侧重军令，一个侧重军政。”

“军令方面的会议，就以将领为主官。”

“军政方面的会议，则以护军为主官。”

“两者不分先后，可以称为双主官。”

这种和稀泥的态度，无疑让枢密院官员不满。

枢密同知袁可立道：

“兵者国之大事，怎么能如此草率呢？”

“难道军中出了事情，还要先分辨是军令还是军政？争论应该由谁召集会议、确定谁是主官？”

军令和军政事务有时能轻易分清，有时根本分不开。

袁可立认为双主官这种办法太儿戏，根本不适合处理军中事务。

朱由检却见过后世的双首长制，感觉双主官能够磨合，确保无论是谁，都不能随便带着军队造反。

所以他对此很坚持，说道：

“双主官是这次军制改革的重点，以后所有军队都要实行双主官，确保不被一人控制。”

“至于军令和军政的分别，可以想办法解决。”

说着，他向袁可立等人道：

“作战、训练事务，毫无疑问属于军令，由将领主导处理。”

“军官选拔、考功稽勋、教育、后勤，毫无疑问属于军政，由护军主导处理。”

“今后枢密院和兵部下发的文件要明确，注明军令和军政分类。”

这解决了从上级而来的事务分类，至于日常事务，朱由检把它们分为平时和战时：

“平时除了明确属于军令的事务外，由护军主导处理。”

“战时则完全以将领为主官，一切以作战胜利为中心，包括军政事务处理。”

“护军如果不分轻重在战时争权夺利，因此影响到战事的，要受军法审判。”

这个划分，解决了大部分情况下的主官争议。

那就是平时除了明确属于军令的事务外，以护军作为主官。

战时所有军务都为作战服务，可以说都属于军令，完全以将领为主官。

群臣对此议论纷纷，有的人觉得这样划分很明确，有利于作战指挥。还能在平时约束将领的权力，让将领不至于坐大。

有的则认为皇帝给将领的战时权力过大，如果有野心的将领以进入战时状态为理由掌管全部军务，还是有可能发动叛乱的。

他们认为战时军政事务也要由护军主导处理，就像平时军令事务由将领主导一般。

对此，朱由检道：

“战时护军就是监军，有监督将领执行军令的权力。”

“如果主将推委不前，护军有权催促，甚至以违背军令解除主将职权，按指挥顺序由其他将领替代。”

“将领的权力在战时也是受到监督的，不能为所欲为。”

又语重心长地对群臣道：