即使在欧洲人早已弃用划桨船，转而使用配备强大火炮的帆船之后，许多巴巴里战船仍然是装载着百余名配备弯刀和轻型武器的战士的桨帆船。

巴巴里的海军并非战斗舰队，一旦发现欧洲的护卫舰，他们会迅速逃逸。

17世纪后期，随着欧洲更强大的海军开始迫使巴巴里诸国缔结和平条约并停止袭击其船只，袭击活动的规模开始缩小。

然而，没有这种强大保护的基督教国家的船只和海岸仍然遭受袭击，直到19世纪初。

1801年至1815年间，偶尔仍有冲突爆发，其中包括美国、瑞典和西西里王国对巴巴里诸国发动的两次“巴巴里战争”。

拿破仑战争（Napoleonic Wars）和1814-15年维也纳会议（Congress of Vienna）之后，欧洲列强达成一致，决定彻底镇压巴巴里袭击者。

对欧洲人而言，巴巴里海盗的最后威胁在1830年法国征服阿尔及利亚后被镇压，并在19世纪中后期通过法国的所谓“平定”行动得到解决。

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根据穆斯林的历史叙述，在这一时期，欧洲人和穆斯林都认为自己在进行圣战。

欧洲和美国的历史资料直言不讳地将这些行动视为一种海盗行为，认为其主要目的是劫掠船只以获取战利品、金钱和奴隶。

然而，穆斯林的资料有时称之为“伊斯兰海上圣战”（Islamic naval jihad），将这些冲突视为在真主（Allah）引领下进行的神圣战争任务，只是与更为人熟知的圣战形式不同，因为这是在海上进行的。

安达卢西亚的穆斯林被臭名昭着且冷酷无情的西班牙宗教裁判所（Spanish Inquisition）迫害的记载——而这得到了所谓的“天主教双王”（Catholic Monarchs）的大力协助。

他们虽然开启了后来被称为西班牙“黄金时代”（Golden Age）的时代，但最初面临着重建后收复失地的必要性，通过捆绑之前分裂的领土而形成一个以基督教为基础的强烈民族身份——在穆斯林看来，这已足够成为正当的反击理由。

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1198年，巴巴里海盗的劫掠和奴役问题已经严重到一种程度，以至于一个名为三位一体会（Trinitarians）的宗教组织成立，专门负责筹集赎金，甚至愿意以自身为赎金，换取那些被俘并在北非被迫为奴的人的自由。